La Facultad de Química tuvo su origen ligada a la Escuela de Medicina a mediados del siglo XIX. Su vida independiente como Escuela Especial de Farmacia comenzó dedicándose al estudio de esta última, por decreto del 16 de abril de 1880. Sin embargo, nuevamente, por decreto es ligada a la Escuela de Medicina el 30 de agosto de 1906. El 6 de septiembre de 1922, en el salón de actos de la Universidad Nacional del Sureste, siendo el rector de la Universidad el C. Médico Cirujano Eduardo Urzaiz, el director de la Escuela de Medicina y Farmacia hizo entrega de la solicitud de creación de la Escuela de Farmacia, independiente de la de Medicina, siendo aprobada dicha propuesta. Los primeros nombramientos de profesores para asignaturas relacionadas a la Química y Farmacia fueron los siguientes: Dr. Mario Villamil de Química Médica Teórica y Práctica, Dr. Andrés Sáenz de Santa-María de Medicina Legal Teórica y Práctica, Dr. Alfonso Albertos de Farmacia Galénica Teórica y Práctica y Rosendo Perera de Preparados de Gabinete. El 13 de septiembre de ese mismo año, el rector nombra al primer director de la Escuela de Química y Farmacia, el C. Farmacéutico Ernesto Patrón Villamil.

En los siguientes 37 años continuó fortaleciéndose la Escuela en el campo de la Química y la licenciatura que ofrecía se modificó dando un total de 8 versiones diferentes que incrementó la carga académica dado el creciente avance disciplinario tanto en la Farmacia como en la Química. En 1961 egresó la primera generación de Químico Farmacéutico, hasta ese entonces la Escuela desarrollaba sus funciones en el edificio que actualmente ocupa la Rectoría de la Universidad.

El 18 de septiembre de 1965 se instaló la dependencia en el edificio de la colonia industrial “El Fénix�. En esa época se impartía ya la licenciatura de Químico Industrial, misma que dio origen a la de Ingeniero Químico cuya primera generación egresó en 1968.

En 1977 se creó la Escuela de Ingeniería Química separándose así de la Escuela de Química. En 1978, en una de las revisiones de los planes de estudios que ofrecía la Escuela, se establecieron las carreras de Químico Farmacéutico Biólogo (QFB), Químico Biólogo Bromatólogo (QBB) y Químico Biólogo Agropecuario (QBA).

Fue en mayo de 1989 cuando su vocación en torno a las ciencias químicas le permitió constituirse en Facultad al crearse la Maestría en Ciencias Químicas. El interés por una permanente actualización de los programas permitió que las licenciaturas de QFB, QBB y QBA fueran modificadas en 1991 y 1994.

De 1994 a 2004 las áreas de formación y actualización que la Facultad podía atender se enfocaron a través de Diplomados en las áreas de Hematología Diagnóstica, Microbiología y Química Analítica que atendió aproximadamente a 550 profesionales de la química. En esa misma época (1996) se modificó por primera vez el plan de estudios de la Maestría en Ciencias Químicas.

En 2002 surge el Modelo educativo y Académico de la UADY vigente, que promueve la actualización de los planes de estudio tanto a nivel licenciatura como posgrado. En 2004 se realizó una modificación de la licenciatura de Químico Farmacéutico Biólogo, con orientaciones en Farmacia, Bioquímica Clínica y Alimentos. En 2005 se modificó la maestría en Ciencias Químicas, teniendo orientaciones en Química Analítica, Orgánica y Biomédica. En 2005 se propone la liquidación de las Licenciaturas de QBB y la de QBA. De esta forma la Facultad de Química consolida la Licenciatura de Químico Farmacéutico Biólogo. Posteriormente se crea en 2006 la licenciatura en Química (con orientaciones en Química Analítica y Productos naturales, Química Ambiental y Educación). En el 2008 se crea el Posgrado Institucional en Ciencias de la Salud donde la Facultad ha venido colaborando con el resto de las dependencias del campus de ciencias de la salud en la dirección de tesis de maestría y doctorado. En 2009, se aprueba el plan de estudios de la Especialización en Bioquímica Clínica (con orientaciones en Química Clínica, Hematología y Microbiología Clínica), programa demandado por los egresados de QFB y respaldado por la Certificación que se otorga al laboratorio de Análisis Clínicos de Servicio a la Comunidad. Asimismo, en ese mismo año la Maestría en Ciencias Químicas se integra al Posgrado Institucional en Ciencias Químicas y Bioquímicas, que se propone en colaboración con las Facultades de Ingeniería Química e Ingeniería. Actualmente la Maestría en Ciencias Químicas se ha reestructurado y se integrará al Posgrado Institucional en Ciencias Químicas y Bioquímicas, que se propone en colaboración con las Facultades de Ingeniería Química e Ingeniería.

En el año 2010, la Universidad Autónoma de Yucatán impulsa la iniciativa de actualizar el MEyA y con ello los planes de estudio de todas sus licenciaturas, mediante la implementación del nuevo Modelo Educativo para la Formación Integral (MEFI). En concordancia con los esfuerzos de consolidar la formación de los profesionales de la química en la región las Facultades de Química e Ingeniería Química unen sus esfuerzos para la creación de una licenciatura institucional a través de la integración de los programas educativos de las Licenciaturas en Química y Química Industrial. Este proceso conjunto e incorporación del MEFI proporcionó los elementos necesarios para la creación de la Licenciatura Institucional en Química Aplicada, aprobada en 2014.

En 2013 se actualiza el plan de estudios de QFB contemplando tres orientaciones: Química Clínica, Farmacia y Química Farmacéutica las cuales son reflejo fiel del quehacer actual del QFB en el ámbito nacional. Con el fin de incorporar a la Facultad de Química al Campus de Ciencias de la Salud, se participó en la planeación de las nuevas instalaciones de la DES, cuya primera etapa finalizó en 2013 y en enero de 2014 se enfrentó el enorme reto de trasladar a toda la comunidad de la Facultad y todo el equipamiento de aulas, laboratorios y oficinas administrativas a las nuevas instalaciones localizadas en la colonia inalámbrica, edificio más amplio y moderno que ocupamos hasta el día de hoy. Durante todo este tiempo ha habido una renovación de la planta docente, y se cuenta con un adecuado entorno de trabajo.

En el caso de los servicios que ofrece la Facultad destaca el hecho que en la década de los años 70's un grupo de profesionistas comprometidos con la Química Clínica, y apoyados por las autoridades de su época, crearon un pequeño laboratorio de análisis clínicos para dar servicio a la comunidad con precios módicos. Al transcurrir el tiempo dicho laboratorio fue creciendo tanto en espacio como en equipamiento y hoy después de más de 40 años de servicio, actualmente contamos con numeroso equipo automatizado, las mejores técnicas, métodos y personal altamente capacitado. En el año 2009 obtuvimos nuestra primera certificación de calidad ISO-9001:2000, la cual se ha mantenido hasta el día de hoy con la recertificación ISO 9001:2015. Hoy en día seguimos brindando nuestro servicio al público en general, así como a la comunidad universitaria. Otro servicio que ofrece desde hace varios años es el de análisis fisicoquímicos y microbiológicos en diferentes tipos de sustratos, con calidad y confianza a usuarios internos y externos de la Facultad de Química de la Universidad Autónoma de Yucatán.

Por otro lado, la Facultad de Química como dependencia socialmente responsable participó en la implementación del Sistema de Gestión Ambiental desde el 2015 alcanzando en el 2017 la certificación ISO 14001:2008. En el 2018 se realiza la transición a la norma 14001:2015, logrando la recertificación ese mismo año y manteniéndola hasta el día hoy. Con esta certificación, la DES controla y mejora su impacto en el medio ambiente, lo que crea beneficios internos al mejorar el uso de los recursos, como por ejemplo, reduciendo el uso de materias primas y energía, o mejorando el manejo de desechos.

Durante los 99 años de vida independiente la Facultad de Química ha tenido 13 Directores que han contribuido en diferentes aspectos a que la Facultad sea hoy lo que es. La relación de directores es la siguiente: